1. Осуществление государственной охраны водных биологических ресурсов РФ и среды их обитания на подконтрольной Управлению территории;
2. Осуществление государственного контроля и надзора за соблюдением юридическими лицами и гражданами законодательства РФ о рыболовстве и сохранении водных биологических ресурсов и иного природоохранного законодательства;
3. Составление протоколов об административных правонарушениях и других процессуальных документов;
4. Осуществление контроля за соблюдением добычи (вылова) водных биологических ресурсов по выделенным объемам квот;
5. Осуществление контроля за соблюдением условий выданных разрешений на добычу (вылов) водных биологических ресурсов.